Добавьте двe категории в intent-filter manifest
<category android:name="android.intent.category.DEFAULT" />
<category android:name="android.intent.category.HOME" />
а также установите launchMode в singleInstance,
должно получиться примерно следующее
<activity
android:name=".LauncherActivity"
android:enabled="false"
android:launchMode="singleInstance">
<intent-filter>
<action android:name="android.intent.action.MAIN" />
<category android:name="android.intent.category.HOME" />
</intent-filter>
<meta-data android:name="android.app.home.alternate"
android:value="ANOTHER_APP_PACKAGE" />
</activity>
