Пользуюсь git + bitbacket.org, клиент консольный. Проблем не знаю, разве что небольшое добавление - нужно в .gitignore прописать:
#Нахрен все
/Папка с проектом юнити/*
#Только ассеты и настройки
!Assets
!ProjectSettings
Тогда не будет проблем с метадатой в Library, она у каждого будет генерироваться своя.