Есть много возможных причин расхождения, наиболее часто я встречаю у клиентов следующее - коды счетчиков могут быть не установлены на некоторых страницах сайта, когда пользователь проходит через них, один из счетчиков теряет сессию и считает новую. Вторая причина - один из счетчиков установлен в HEAD, другой - в футере, после /BODY и тот, который вверху, отрабатывает, а нижний не успевает загружаться.