Подход зависит от того, как устроено: речь про ваш сервер с кучей сайтов и толпой левых девелоперов, или про сотни серверов разных клиентов, где у вас то просто FTP доступ, то SSH с рутом.
Политика может быть «с заморозкой»: сайт клиенту выкатили — код «заморозили», ни одного изменения быть не может, или мы снимаем с себя ответственность за вирусы. В таком случае можно хоть каждую полночь rsync'ом с вашего надёжного репозитария экспортить весь код сайта на рабочий серв. Или распаковывать архив с кодом, перезаписывая всё. Или проверять хэш файлов, и перезаписывать только при изменении.
Другой вариант для левых девелоперов: политика «всё через SVN». Ваш надёжный админ настраивает систему таким обрзаом, что каждый веб-проект имеет изолированную ветку или отдельное хранилище. Девелопер обкатывает всё на своем локальном тестоовом сервере, и выкатывает работающий код в хранилище. По расписанию, или по спец. ссылке код из репо копируется на продакшн сервер.
Таким образом у левого индуса нет возможности напрямую что-то исправить на рабочем сервере, минуя репо. И вы можете просто закрыть в нужный момент обновления на продакшн, а если понадобится открыть — сначала проверите, что за изменения внес ваш пакистанский гений.