меню - Сервис - Внешние обработки и Отчёты,
Вы не правильно поняли механизм. Внешние обработки - это справочник. Когда вы добавляете в него обработку, то появляется элемент справочника, у которого в поле записаны двоичные данные самого файла. Когда вы ее открываете, то из этих двоичных данных создается объект обработки и он открывается.
Это такой общепринятый способ вставлять обработки без изменения конфигурации, поэтому они и не должны появляться в конфигураторе.
Вам нужно либо в конфигураторе нажать правой кнопкой в обработки и выбрать «вставить внешнюю обработку...» и тогда она добавится в конфигурацию и будет доступна из модуля по коду «Обработки.НазваниеВашейОбработки».
Либо посмотреть на справочник внешних обработок и делать как у них - получать элемент справочника, считывать двоичные данные, скорее всего создавать временный файл, потом из него создавать обработку.
Либо использовать конструкцию ВнешниеОбработки.Создать(<ПолноеИмяФайла>, <БезопасныйРежим>), где в полное имя файла будет путем к файлу обработки. Но тогда у пользователя под которым работает сервер должен быть доступ к этому файлу.