Это можно сделать, но классический JavaDoc не пройдёт. Вот
здесь описан подход, который я с успехом применил в своих проектах. Надо только добавить нужные аннотации, и разобраться с нестандартными версиями библиотек. После этого, WSDL генерирую так:
org.apache.cxf.tools.java2ws.JavaToWS.main(new String[]{"-d", "d:\\temp\\gen\\", "-verbose",
// "-createxsdimports",//раскоментировать если нужно выделить xsd-шки в отдельные файлы
"-wsdl", "webservice.SomeService"});
webservice.SomeService имеет аннотации @WebService и @WSDLDocumentation, а классы запросов и ответов помечены аннотацией @Documentation
