Если сравнивать vector с обычным массивом, то есть, на мой взгляд, 2 основных недостатка:
1) Скорость работы vectora в целом
2) Объем занимаемой памяти по сравнению с обычным массивом
Конечно в ряде случаев этими вещами можно пренебречь, но где-то это может быть очень критично. Также, все естественно зависит от прямоты рук программиста, так как владение STL в целом требует немалых знаний и умений.