Редко попадаются дизайны, где легко все шрифты в em сделать и все четко через пиксельперфект выровнять. Если тз того не требует, размеры шрифтов можно задавать в пикселях, какие-то глобальные отступы и ширины измерять линейкой в фотошопе, далее после того, как все сверстано, подгонять это через Pixel Perfect (Firefox или Chrome).
То есть вы делаете каркас/компоновку элементов, а уж потом выравниваете все. Сразу все пиксель в пиксель делать - больше времени займет.
p.s.: для Firefox есть версия Pixel Perfect 1.8.1 (рабочая без глюков), которая спрятана в версиях плагина Pixel Perfect на addons.mozilla.org.