High Performance MySQL (желательно 2-е издание или более новое). Очень хорошо расписаны различия и тонкости движков MyISAM и InnoDb, как оптимизировать запросы, составлять индексы и т.д. и т.п. Кроме того, рекомендую блог mysqlperformanceblog.com
"High Performance MySQL", Baron Schwartz, Peter Zaitsev, Vadim Tkachenko shop.oreilly.com/product/0636920022343.do
Не просто достойна. а обязательна к прочтению всем, кто работает с MySQL.
