Файлы нужно явно добавить в солюшн, в студии что-то вида Добавить -> Существующий элемент.
У них указать уже нужный тип Build Action.
Код загрузки кстати может глючить, если брать составные сборки типа nhibernate \ fluent.nhibernate
UPD: плюс, не забывайте проверять работу таких сборок в релиз режиме, может вести себя по разному.