Если есть доступ к исходнику, то подделать можно что угодно. Можете посмотреть в сторону обфускации, но это всё ровно не надежно будет.
Если нужно быть уверенным, что ничего в скрипте не менялось, то я вижу только 1 вариант.
Сам файл index.php должен просто перенаправлять запрос к Вам на скрипт по апи со всеми данными, вы обрабатываете их у себя и отвечаете скрипту index.php, index.php передает ответ от Вас пользователю.
Простым языком файл index.php, который может любой скачать и к себе установить должен в этом случае являться просто прокси к Вашему API.