Нет. В любом случае руками придется дорабатывать. На хабре была статья по отладке dex-кода в какой-то старой версии netbeans, но так что взять из dex сразу готовый проект получить, то нет такого.
Впрочем, это и к лучшему, потому как рефакторить все равно придется (имена объектов, методов, местами алгоритм). А поэтому лучше уж просто вытянуть сразу нужное и немного допилить.
Да и чего сложного то? Через скрипты ведь все просто делается (вроде даже gui-обертки для dex2jar и apktool в одном приложении имеются)
Средний
