Если нужно, чтоб каждый пользователь имел свой акаунт и ходил под ним по ssh и ftp, то нужно курить в сторону proftpd+pam, подозреваю у вас proftpd+mysql. Настраиваем proftpd на авторизацию pam, тогда пользователи системы смогут получить доступ по ftp к своим домашним каталогам, если нужно отдавать не ~/, а один каталог на всех по ftp, то вариантов куча, можно, например в конфиге proftpd подменивать домашний каталог на нужный, заодно подменять UID и GID, а правами рулить при помощи ACL proftpd.
http://www.proftpd.org/docs/modules/mod_auth_pam.html
http://www.proftpd.org/docs/faq/linked/faq-ch7.html