Конкретно в вашем случае, нужно просто применить дисковые квоты.
Использование файлов с разделами внутри - обычная практика для гипервизоров. Но:
- Это немного медленнее.
- Можно получить ненадежное хранилище, если будет иметь место совершенно сумасшедшая цепочка кэшей.