Ибо на хостовой машине за вас это делает сам Denwer. На виртуалке должно быть всё ок, если вы сами пропишите соответствующие привязки доменок к IP хоста ручками.
Нужно сделать, чтобы в гостевой ОС разные доменные имена разрешались в один IP адрес локального сервера.
А как это сделать — существует множество вариантов: поднять DNS-сервер на хосте, поднять DNS-сервис в виртуальной машине (хотя по идее виртуальная машина и так должна предоставлять DNS forwarding), или самое простое — прописать site1 и site2 в гостевой ОС в /etc/hosts.