Судя по всему:
new Trimesh(vertices, indices);
создаёт меш коллайдер из массива вершин и индексов треугольников.
В three.js у меша есть геометрия (geometry), у окторой есть аналогичные массивы: vertices и faces. Только они состоят из объектов, а не чисел. Так что вам остаётся только развернуть массивы объектов в массивы чисел и скормить их cannon-у.