Используйте
https://pypi.python.org/pypi/geopy
Базу координат можно получить из OpenStreetMap, воспользовавшись Overpass API.
Если нужна большая точность координат (то есть возможность выбрать более определенную точку, а не центроид территории города) - скачайте себе проект для QGIS отсюда
gis-lab.info/qa/osm-qgis-projects.html и используйте его в QGIS (ставьте из этого пакета
trac.osgeo.org/osgeo4w )
Собственно, измерять можно и в QGIS
docs.qgis.org/1.8/en/docs/user_manual/introduction... но там есть тонкости с проекциями, и измерить расстояние через всю страну без ошибок может оказаться творческой задачей.