Проще всего повесить ИК на UART. А если нельзя, то использовать таймер с DMA (естественно, микроконтроллер выбрать правильный).
Но все-таки, UART проще всего: цепляем туда DMA и он себе отправляет все, что нужно по аналогии с 1-wire.
Точнее всего можно задать частоту с помощь прерывания по таймеру библиотека TimerOne. минимальны интервал 1 микросекунда (максимальная частота 1000000 Гц).