Предположу только, что у новых версий браузеров стоят другие дефолтные значения паддинга, маргина или чего-нибудь еще. В CSS-reset файл есть?
Может еще какой незакрытый тег стоит или генерится скриптом, а браузер стал его по другому обрабатывать.
Думаю стоит зайти сюда и почекать
validator.w3.org