Вам поможет конфигурация «Конвертация данных». Она идет с несколькими обработками. Первая позволяет получить описание метаданных каждой из ваших баз. Вторая - загружать и выгружать данные.
Описания метаданных загружаются в конвертацию, потом в ней указываются правила по выгрузке: указывается соответствие справочников, документов, соответствия реквизитов друг другу. Можно описывать дополнительные правила и т.п.