Возник спор, изначально планировалось сделать вот такой url адрес: site.ru/mygroup, однако возникают проблемы с конфликтами с другими url адресами сайта.
Что мешает сделать для групп отдельную категорию? И будет, например, site.ru/xxx/mygroup1, site.ru/xxx/mygroup2 и закроете вопрос конфликтов с другими адресами.
Как поисковики относятся к поддоменам ?
Нормально.
Какой вариант лучше: mygroup.site.ru или site.ru/group/mygroup?
Для Ваших целей, site.ru/group/mygroup, ведь группы Вы хотите организовать связанные непосредственно с Вашим сайтом, мб с участием в общих обсуждениях и каким-то общим контентом. Опять же контент сайта общими силами будет больше пополняться и сайт будет быстрее набирать вес. На поддомен будет смысл выносить только если Вы хотите представить группы как нечто отдельное, слабо связанное с основным сайтом site.ru