Кинул в Storyboard последовательно Table View Controller, View Controller, Table View Controller, View Controller
Добавил Segue последовательно, первый из табличного контроллера отрабатывает а второй нет. Конфигурировал одинаково — с контролом перетаскивал ячейку таблицы на следующий View Controller.
В дебаге tableView:didSelectRowAtIndexPath отрабатывает, а prepareForSegue нет.
В первом случае все сконфигурировано так же — работает как часы.
Раз никто не отвечает, давайте вместе разберемся.
Прикрепите проект с нерабочим storyboard к вопросу.
Вообще, это изначально надо было сделать. Вы же понимаете, что программисты — люди ленивые.