Дело вкуса и привычки. Я бы выбрал centos, если не принципиально ядро, то unix и freebsd
Как сказал автор выше - любой дистрибутив можно поставить без графической оболочки и использовать только консоль.
ИМХО debian
Изначально НЕ перегружен сервисами и тестируемыми пакетами, дистрибутив. А консольная версия (без иксов) - полетит!
Но если вы не знаток, то лучше ставьте Ubuntu. Для начинающего самое то
Я бы посоветовал Ubuntu Server. Сервера работают более 2х лет и особых проблем не наблюдал. Несколько раз склонялся к переходу на CentOS, но так и не решился. В принципе и не жалею.
ИМХО: Ubuntu,CentOS,Debian - не потому что другие плохие или какие-то не такие, просто для эти дистрибутивы наиболее популярны для серверов (в порядке убывания популярности), поэтому по ним больше информации в интеренте.