Как в Yii 2.0 избавиться от лишнего и начать с чистого листа?
rm -rf /path/to/your/project
А если серьезно, никто не начинает совсем уж с нуля.
https://github.com/yiisoft/yii2-app-basic - возьмите за основу, там уже решен как минимум 3-ий пункт. Зависимости все разруливаются через composer.
Далее...
1) тут зависит от вас. Вообще соль этих шаблонов показать как можно оформить структуру проекта, как именно использовать решать вам. Вы можете вообще психануть и сделать свой, с игрищами и блудницами.
2) Откуда ж знать то? Рано или поздно вам понадобится хоть что-то...
3) composer
4) Документацию по PHP, различную литературу по ООП и т.д. Не следует думать что использование средненького фреймворка позволит вам заполнить пробелы в знании основ, тем-более что одна из главных мыслей которую несет за собой Yii это "пиши как хочешь нам пофигу".