Мне нужно добавить А-запись в DNS, но не вручную, а автоматически, желательно через php. На хостинге установлена CPanel, сам хостинг - VPS, так что можно запустить какую-либо программу, ОС - CentOS.
А что Вы делаете? Если пользовательские поддомены, то можно просто сделать, чтобы все запросы с поддоменов перенаправлялись на основной домен, и там уже с помощью роутера распознавать их и отдавать нужный контент