Только что заметил, у вас индекс по "create_date", а сортировку вы делаете по "create_time".
При определенном (большом) количестве документов без сортировки монга не должна выдавать результат вообще в целях оптимизации, должна выдавать ошибку (зависит от версии).
Предыдущий ответ: Попробуйте сделать dump/restore в другую базу, или db.repairDatabase, возможно база повреждена.