Угу. Туда же попадут "автор", "автохтон", "автобиография", "автомат"... А уж слова с приставками... По хорошему, надо разделять слова на приставку, корень (корни), суффикс и окончание, для чего желательно знать, как минимум роль слова в предложении (и то может не помочь, попробуйте разобрать "Косил косой косой косой" - да, тот самый заяц на поляне, да ещё и коса кривая.
Но если так хочется - строите дерево, где каждый уровень - следующая буква слова, а в узлах и листьях стоят счётчики количества слов. Для слов "автомобиль", "авто" и "автострада" получаем:
. +-м(1)-о(1)-б(1)-и(1)-л(1)-ь(1)
.а(3)-в(3)-т(3)-о(3)+
. +-с(1)-т(1)-р(1)-а(1)-д(1)-а(1)
Затем обходим дерево, там где сумма счётчиков в дочерних узлах не равна счётчику в родительском - заканчивается слово, а разность между суммами даёт количество этих слов в тексте.