RewriteCond %{REQUEST_URI}::$1 ^(/.+)(.+)::\2$
RewriteRule ^(.*) - [E=BASE:%1]
RewriteRule ^(.*)$ %{ENV:BASE}index.php [NC,L]
Короче это хитронаворочанная конструкция для запросов типа /directory/application/method собранная для вычисления основной директории запуска.
В первой строчки сам pattern ^(/директория)(используемый метод)::{ссылка на используемый метод из этого же регулярника} и модификация изначального %{REQUEST_URI} суффиксом.
Во второй строке ^(/директория) записывается в окружение
В третьей запрос перенаправляется в /directory/index.php
Хотя смысла во второй строке не вижу. Более уместно было бы как-то передавать скрипту используемый метод в виде отдельной переменной.
Я бы проще обошелся:
RewriteCond %{REQUEST_URI}::$1 ^(/.+)(.+)::\2$
RewriteRule ^(.*)$ %1index.php [NC,L]
Хотя (может быть я и не прав) можно сделать так : RewriteCond %{REQUEST_URI}::$2 ^(/.+/)(.+)::\2$