Тут нужно точнее знать, что ты будешь делать на этом языке.
Естественно, в долгосрочной перспективе python 3.x >python 2.x
С другой стороны, некоторые узкоспециализированные модули могут внезапно оказаться не портированными на 3 версию (примеры:
grab -
https://pypi.python.org/pypi/grab/0.4.13,
pycassa -
https://pypi.python.org/pypi/pycassa/1.11.0 )
В этом случае либо 2to3+ дебаг получившегося порта на 3 версию, либо свои велосипеды.
А так, большая часть известных модулей имеют либо третью версию изначально, либо имеют рабочий порт.