Третий, естественно. Т.к. он развивается и будет развиваться, в отличие от 2-го. Например, недавно появилась библиотека async и специальная форма yield from. Да и все нормальные библиотеки поддерживают третью ветку.
А ещё в нём нормальная поддержка юникода.