Во втором случае идет как бы перепрошивка девайса, т.е. захватывается системная часть. А в первом случае просто пользовательские данные удаляются. При джейлбрейке нельзя сбрасывать, иначе после обнуления будет яблоко, только перепрошивкой через восстановление.