у меня на CentOS 6.5 сделано так: в файле /etc/mail/dkim-milter/dkim-filter.conf прописана строка
KeyList /etc/mail/dkim-milter/keys/keylist
в файле keylist прописано следующее
*@domain1.com:key1:/etc/pki/postfix/dkim/key1
*@domain2.com:key2:/etc/pki/postfix/dkim/key2
соответственно в key1 и key2 лежат приватные ключи.