@piroquai

Софт для молекулярного/геометрического моделирования?

Смоделировать надо пространственное расположение атомов, но задачу пока свожу к геометрической, без привлечения квантово-механических эффектов и пр.

Задача: построить модель из шариков (много шариков). Шарики разных размеров (2-3 типа), распределены в объеме случайно, либо упорядочены в простейшие структурные группировки и плотнейшим образом уложены. Нужно рассчитать парную корреляционную функцию или, другими словами, определить преимущественные расстояния между шариками в зависимости от концентрации шариков того или иного типа. При этом визуализировать трехмерную модель не обязательно, важен в первую очередь расчет.

Вопрос: в какой программе это в принципе можно сделать и, желательно, с наименьшими мозгозатратами?

Списки софта по моделированию в википедии видел, вариантов много, методом тыка нужное под конкретную задачу не нашлось.
Плаформа Windows.

Спасибо.
  • Вопрос задан
  • 2278 просмотров
Пригласить эксперта
Ответы на вопрос 2
@maksimov_aleks
Простите, а как Вы собрались рассчитывать расположение атомов из чисто геометрических соображений? Или все межатомные расстояния заведомо известны и Вы хотите просто понять как это можно пространственно реализовать?
Ответ написан
@AelDeyr
Задачи по моделированию химических соединений/белков/фолдинг это на 90% линукс+суперкомпьютеры.
Готовый QM/MM софт разнится в зависимости от задачи. Опишите свою подробнее.
Для белков есть, к примеру, Gromacs(www.gromacs.org/). По нему много грамотных туториалов в интернете.

Если я верно понял вашу задачу, она:
1. звучит как: "найти парную корреляционную функцию для металла/расплава с примесями".
2. студенческая задача

При этих условиях хватит: "эмпирические потенциалы", "потенциал Морзе", "потенциал Леннарда-Джонса", "метод Монте-Карло".
Не мое, но работа хорошая, даст понимание теории и возможного результата.
https://mipt.ru/education/chair/computational_math...

Финальная функция для вашей задачи будет суперпозицией функций потенциалов каждой используемой пары атомов.
Когда будете писать модель, можете ввести медленное охлаждение системы, что позволит взять меньшее количество атомов для той же финальной точности.
Визуализировать можно с помощью Avogadro(есть windows-версия) или любого иного софта.
Ответ написан
Ваш ответ на вопрос

Войдите, чтобы написать ответ

Войти через центр авторизации
Похожие вопросы