В общем проблема такая. Опишу типичную ситуацию, которая из раза в раз повторяется.
Есть cms, которая разрабатывается сама по себе, конечно же всё с помощью git (github). Есть сайт, который основан на этой cms (все изменения отслеживаются опять же с помощью git). Но вот тут релизнули новую версию cms, решили перевести сайт на эту самую новую версию.
В общем, в cms обновились некоторые файлы, а большинство осталось не тронутыми. Качаем архивчик файлами с cms, удаляем у сайта папку с cms, чтобы по чистому распаковать файлы с cms.
Так вот теперь открываем сайт в phpStorm, он обновляет данные по файлам и показывает нам, что абсолютно все файлы изменены, даже те, которые были не тронуты. Пытаюсь посмотреть diff-файлов, но они одинаковые, вплоть до окончания строк, а phpStorm на такие файлы при diff пишет 'contents are identical'.
Т.е. phpStorm пишет, что файлы одинаковые, но всё равно помечает их как изменённые. Или это помечает git? И как от этой проблемы избавиться?
Сижу на Linux. Проблема была в том, что git пытался сохранить права доступа к файлам. Решил проблему изменив в файле .git/config: filemode = false
На всякий ещё поставил: git config --global core.filemode false
