Вполне возможно, что происходит редирект (301/302), поэтому теряются метки. Проверить можно в Firebug / Chrome Dev Tools. В RewriteRule что-то подобное этому [NC,QSA,R=301,L] должно помочь (я с Апачем давно не работаю, поэтому нужно пробовать).
Еще может влиять настройка урл - использование слеша в конце. Если ссылки, генерируемые WP без слеша, то будет происходить редирект на тот же адрес, только со слешем в конце. Вот тут и возникает потеря параметров. Полезная инфа
тут и
тут.
И еще есть нюанс - WordPress не очень любит любые _GET параметры, кроме зарегистрированных с помощью add_query_var(). Но не думаю, что проблема в этом - отрезать он их не должен.