Нужно выполнить определенный код после события закрытия недавно созданного окна. Как узнать идентификатор окна, созданного таким образом:
chrome.windows.create({url: "index.html", type: "popup"});
Когда созданное окно будет закрыто вывести сообщение:
chrome.windows.onRemoved.addListener(function(){
alert("Close!");
});