Прописать в Path директорию в которой находится apm по типу (отредактируйте):
C:\Users\John\AppData\Local\atom\app-1.1.0\resources\app\apm\bin
Проверить можно через where apm в командной строке
Прописать proxу из командной строки windows (редактировать на предмет proxy напрямую файл .apmrc не стоит - при перезапуске atom удалит введенный строки)
apm config set proxy "
192.168.1.1:3128"
apm config set https_proxy "
192.168.1.1:3128"
Просмотреть что
apm config list