Я так понял у вас Main кнопка, это кнопка в Reply Keyboard.
Reply Keyboard не привязывается к сообщению, эта кнопка приходит с сообщением, это сообщение можно удалить, кнопка останется.
Если последующие сообщения будут без новых Reply Keyboard, то первая кнопка так и будет висеть без изменений внизу экрана. Что бы удалить эту кнопку нужно отправить новое сообщение (зависит от вашего фреймворка):
markup = types.ReplyKeyboardRemove()
tb.send_message(chat_id, message, reply_markup=markup)