настроить нужную команду в sudoers , и запускать просто
ssh user@server sudo your_sudoers_command
если ответить шире , и речь идет о каких то +/- регулярных однотипных действиях, то можно команды завернуть в скрипт и запускать этот скрипт.
ssh user@server /path/to/your/executable_script