Нормальная ситуация.
Оцените вероятные причины. Чаще всего проблема упирается в отсутствие трафика на эти страницы, запросов, по которым Яндекс может эти страницы показать в поиске - а значит, в индексе они не нужны.
Но вообще говоря - раз трафик-то был, значит, претензии у Яши более серьёзные. Ищите причину.