Дело в том, что дефолтный Build System в Sublime находится в большем приоритете, чем тот, что добавлен пользователем.
Зайдите сюда: Sublime Text 3\Packages\C++.sublime-package\C++.sublime-build
и строчку
"selector": "source.c, source.c++",
исправьте в строчку
"selector": "source.c++",
Тогда, если у Вас правильно настроена Ваша Build System для C, то именно она и будет подхватывать файл.