В самой 1С отключено журналирование, включить не получится. Можно ли как-то вытащить из mssql базы или ее логов вытащить инфу когда логинился тот или иной пользователь 1С?
Нет, так как эта информация есть только у сервера 1С, а там журналирование отключено. К mssql серверу сервер 1с коннектится под заранее указанным пользователем, поэтому такую информацию не отследить.