никак, вы клонируете весь репозиторий а дальше делаете с ним что хотите. Это и есть основное отличие git от svn. В git у вас просто есть ссылка на другой репозиторий, и вы их синхронизируете. Но можете и не синхронизировать. И вообще забыть об оригинале.
Если вы хотите вынести папку в отдельный репозиторий, то можно запустить filter-branch по директории и отобрать только коммиты, относящиеся к этой директории.