В Onedrive есть проверка загружаемых на вирусы и их маркировка. После этого файлы, полученные из onedrive по умолчанию запустить на компьютере нельзя.
Если onedrive не знает ничего про ваш конкретный вирус, то да - файлы перейдут и на новый компьютер - но пока вы не запустите зараженные файлы, никакого влияния на новую ОС от них не будет.
И старый и новый компьютер можно запросто просканировать с загрузочного диска любого антивируса типа касперский,доктор веб, nod32 и т.п.
При входе в УЗ Microsoft на новом компьютере вообще не обязательно включать синхронизацию файлов Onedrive сразу.
