Скажу как я делал на linux, на vds где нет доступа к консоли по vnc (мне нужно было сменить файловую систему root с ext4 на btrfs).
Выбирается раздел, не затрагиваемый системой (например swap или /home только сделай резервную копию, всегда можно сделать по сети), на него ставится минимально работающая система, ядро копируется у хостера, настраивается сеть, ssh сервер и пароли для удаленного доступа (можно настроить дома в виртуалке, проверить а затем перенести копированием по сети), настраивается загрузчик на новый раздел и перезагружаешься.
Любая ошибка на этом этапе чревата получением нерабочей системы, поэтому резервные копии и заранее подготовиться к откату.
Из этой новой системы диски можно как угодно перемещать и пересоздавать (даже можно сменить тип таблицы разделов, но очень осторожно считать при создании раздела где и куда) с помощью какого-нибудь parted (консольный) или gparted (графический интерфейс).