и какие проблемы?
решение зависит от конфигурации компонентов, я буду предполагать, что там по классике - postfix + dovecot + какая-то база данных. Пути к клиентским майлбоксам в этом случае в базе. Надо посмотреть каким запросом они оттуда выдергиваются и накостылить для какого домена где искать ящики.
но проще все по красивому настроить на новый домен, а содержимое ящиков просто перенести.