у меня не связывается папка B2 c репозиторием с гитхаба
Папка
B2 автоматически связывается с гитхабом уже в момент клонирования туда репозитория.
Но вы это не видите, так как инициализировали в папке
packages пустой репозиторий и именно для него
VSCode и показывает кнопку
Publish Branch.
.
└───yyy.loc
├───.git
└───packages
├───.git # пустой репо созданный git init
└───B2
└───.git
А чтобы
VSCode увидел вложенный репо, лежащий в папке
packages/B2 вам надо в папке
packages тоже создать
.gitignore и прописать в нем
/B2/