Как вы собираетесь сделать, чтобы "трафик с определенных в хостлисте доменов шел через нее как через прокси"? И со стороны этих сайтов, и со стороны пользователя.
Вообще описано непонятно. Можете переформулировать более подробно?
Если вам надо, чтобы DNS-сервер резолвил как-то по-особому определённые домены - добавляйте в любое ПО, bind9/dnsmasq/unbound и т. д. эти зоны со своими записями, а остальное пусть форвардится от какого-нибудь публичного сервера.