Телепатствую.
Главная причина, чаще всего, это не отключенные индексы, запись в таблицу с ними это n*log(n), а без индексов это n или даже log(n).
Раздели sql на место создания структуры и импорт данных. Замени код создания структуры на такой, чтобы таблицы создавались без индексов, и отдельно создание этих индексов уже после (автоматизировать это не сложно, но чтобы так с ходу найти готовый код я не найду).
Отдельно в sql коде можно расставить commit через некоторое количество (десятки тысяч +-) insert-ов, что бы лог не переполнялся.
Следующий вариант - оптимизация дисковой записи, найди способ принудительно включить lazy writes на диске с базой, например с помощью виртуализации или хотя бы ext4 опция data writeback. Внимание! в этом режиме любая проблема с ос (например отключили питание) испортит данные. Т.е. на время импорта создай файловую систему для таблиц отдельно, потом данные тупо скопируешь. Но если у тебя норм ssd или дисковый контроллер с хорошим кешем, то это не актуально.
И если говорить об самым экстремально большом ускорении, размести файлы базы в tmpfs (оперативка, сотня гигабайт сейчас даже дома не проблема)... Можно для этого арендовать в облаке vps-ку, но желательно в этом же датацентре, а то копировать сотню гигабайт может быть долго. И да, следи за тем что бы была та же архитектура процессора и версия mysql
