Вы скорее всего просто не указали в настройках Project Settings -> Deployment на вкладке Mappings поле Deployment path on server. Если там ничего не указано, то шторм просто не знает откуда/куда грузить файлы, хоть на удаленный хост и пускает посмотреть что там есть (или копировать ручками). Если не требуется указывать там какой-то специфический путь, просто поставьте слэш ( / ).